L'io narrante racconta di aver conosciuto Morella molti anni addietro, per caso; ne fu subito profondamente attratto, anche se gli ardori che lo presero « non erano quelli di Eros », e la sposò. La donna, erudita, trasmette il proprio sapere al marito. Ama in particolare gli studi filosofici e teologici, con una preferenza marcata per l'antica letteratura mistica tedesca, probabile retaggio dell'educazione ricevuta in Germania.
Il protagonista non è però sulla stessa lunghezza d'onda; mentre Morella si identifica con le sue letture mistiche, egli sente sovente « uno spirito proibito destarsi in lui », che Morella cerca di spegnere sul nascere con « qualche grave e singolare parola ». A poco a poco, l'inquietudine e l'orrore che gli procurano il pensiero e i discorsi di lei vanno aumentando e turbandolo nell'intimo, cosicché quando la moglie si ammala e poi peggiora progressivamente, attende con ansia la sua morte. Chiamato l'uomo al suo capezzale, Morella gli comunica di sapere che lui l'ha aborrita e che, nonostante stia per morire, vivrà. Gli lascia « un pegno di quell'affetto - ah! così poco! - che egli ha provato per lei », nella creatura portata in grembo. Nel momento in cui Morella spira, la piccola vede la luce.
